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Revisé uno de mis sitios múltiples y tampoco veo ninguna tabla de usuarios para los subsitios.
Mi recomendación sería:
Intente crear un nuevo usuario para el subsitio. ¿Aparece en la tabla global? No debería aparecer en wp_2_. Eso haría poco probable que se utilicen estas tablas.
Sin embargo, también es posible que un complemento que esté utilizando cree y utilice estas tablas. Sólo puedes descartarlo comprobando tus complementos.
El último paso sería entonces: crear una copia de seguridad. Luego elimine las tablas de la base de datos y cruce los dedos 🙂