Si quieres obtener información valiosa sobre Shopify, es mejor que preguntes en un foro dedicado a Shopify. No estoy seguro de si Shopify y WP pueden coexistir en el mismo servidor. Tal vez si se instalan cada uno en su propio subdirectorio puedan coexistir pacíficamente. Solo estoy especulando, no lo sé con certeza.
Por cierto, desconfiaría de cualquier “experto” en SEO que insista en que alguien use un sistema CMS específico. Solo digo que imagino que no tienes otra opción que contratar a un consultor de SEO.
Además…
Solo un aviso: dado que ambos deben estar alojados en dos lugares diferentes (Shopify es una plataforma SaaS), no es posible que ambos utilicen el mismo nombre de host. Solo uno puede usar el dominio raíz. hermespharma.ieel otro debe estar en un subdominio (por ejemplo blog.hermespharma.ie, shop.hermespharma.ieetc).
Este es un requisito técnico básico independientemente de qué par de software estemos hablando (o incluso si es el mismo software que impulsa ambos sitios): siempre que estén alojados en dos lugares diferentes, no pueden compartir el mismo nombre de host.
(Soy consciente de que es posible apoderado un nombre de host a otro, pero no creo que estemos hablando de ese nivel de conocimiento de infraestructura aquí).