Bien, encontré un directorio llamado ALPHA_DATA en public_html y parece que lo agregó un hacker. tiene un único directorio alhpacgiapi que tiene un único archivo .htaccess:
#Coded By Sole Sad & Invisible
Options FollowSymLinks MultiViews Indexes ExecCGI
AddType application/x-httpd-cgi .alfa
AddHandler cgi-script .alfaNo puedo presentar bien el archivo .alpha en ninguna parte.
¿Qué piensa la gente?